Fotovoltaické aplikace zažívají u nás v současnosti velmi dramatický rozvoj. Důvodem k tomu je zavedení veřejné podpory přijetím zákona o podpoře výroby el. energie (zákon č. 180/2005 Sb.), který výrobcům elektřiny z obnovitelných zdrojů dává záruku 15leté návratnosti vložených investic, splní-li jisté technicko-ekonomické parametry. Ty jsou definovány prováděcími předpisy Energetického regulačního úřadu, dle kterých je definována i míra podpory (viz níže). K základním parametrům v případě FV elektráren patří tyto dva:

• Měrné investiční náklady (na instalovaný kilowatt el. výkonu)
• Roční využití instalovaného výkonu

Dále se přihlíží k provozním nákladům (např. pojištění, u instalací na volné ploše, dále pravidelný dohled apod.) a také ke změně výkonových parametrů instalace v čase (účinnost panelů během jejich života klesá).
Podpora je pro FV elektrárny přiznávána po dobu 20 let, a to od okamžiku, kdy je uvedena do provozu. Přitom má dvě možné formy – buď garantovanou výkupní cenu el. energie, kterou vykupuje místně příslušný distributor, anebo podoby tzv. zeleného bonusu, což je ve své podstatě příplatek za vyrobenou elektřinu, kterou buď může výrobce spotřebovat anebo ji (třeba i jen z části) prodat jinému subjektu na trhu např. obchodníkovi.
Výše výkupní ceny je neměnná resp. se může v čase zvýšit o inflaci, cena zeleného bonusu je pak proměnná v závislosti na předpokládané tržní ceně elektřiny a výši výkupní ceny přiznané dané výrobně (je de facto jejich rozdílem). Výše obou forem podpory je přitom každoročně pro nové instalace aktualizována tak, aby reflektovala technologický vývoj. Stávající znění zákona připouští jen 5 % meziroční pokles cen, což se právě ukazuje v případě fotovoltaiky jako nedostačující, protože od přijetí zákona došlo k poklesu cen komponent, zejména panelů o doslova desítky procent. Proto jsou fotovolatické aplikace dnes atraktivní.
Aktuální výše podpory je od roku 2009 diferencována pro instalace do instalovaného el. výkonu 30 kWp a nad 30 kWp (p znamená „peak“, což označuje nevyšší výkon panelu za testovacích podmínek – měrné oslunění 1000 W/m2, AM 1,5 a teplota panelů 25 °C). Pro každou tuto výkonovou kategorii je definována jiná výše výkupní ceny resp. ceny zelených bonusů. Lze očekávat, že trend snižující se výše podpory bude pokračovat. Jelikož je však fotovoltaika odvětvím, kde nejrychleji klesají výrobní náklady, lze očekávat v roce 2010 novelu předmětného zákona tak, aby umožňoval ještě rychlejší pokles veřejné podpory. Je proto více než pravděpodobné, že od roku 2011 dojde k prudkému snížení o 20 možná i více procent (s určitostí pro velké instalace, kde se již dnes dostávají měrné investiční náklady pod 80-85 tis. Kč/kWp).
Na druhou stranu ekonomiku fotovolatického systému zlepšuje možnost využít části el. energie pro krytí vlastních potřeb – výše zelených bonusů je nastavena na předpokladu tržní ceny elektřiny z fotovoltaiky ve výši cca 1 Kč/kWh. Cena elektřiny na straně konečného zákazníka je však několikanásobně vyšší (skládá se nejen z ceny komodity, ale i poplatků za distribuci), ekonomický efekt při využití elektřiny pro krytí vlastní potřeb tak proto roste. Poslední důležitou poznámkou je možnost na jedné straně dále čerpat příplatek za tzv. decentralizovanou výrobu (u instalací dodávajících elektřinu do distribuční sítě NN činil v roce 2009 přesně 64 Kč/MWh), naopak je nutné hradit poplatek za podporu elektřiny z OZE, KVET a DZ (kombinované výroby elektřiny a tepla a výroby elektřiny z druhotných zdrojů), a to i v případě, že elektřina je využita pro vlastní potřebu (v roce 2009 činil celkem cca 60 Kč/MWh, v roce 2010 se předpokládá jeho dramatické zvýšení na cca 165 Kč/MWh). U instalací nad 100 kWp je pak vyžadována rovněž úhrada poplatku za tzv. systémové služby.